كانت القرية تقع في رقعة مستوية من الأرض، في السهل الساحلي الأوسط. وكان طريقان يصلانها بشبكة الطرق العامة المؤدية إلى يافا واللد والرملة. وكان خط فرعي من سكة الحديد يصل كفر عانة بالخط الرئيسي الممتد بين اللد وطولكرم. وربما تكون كفر عانة بنيت في موقع قرية عونو الكنعانية، التي ذكرت في قائمة الكرنك التي وضعت للفرعون المصري تحوتمس الثالث (القرن الخامس عشر قبل الميلاد). ويبدو أنها كانت مدينة حصينة في العصر الحديدي، أي بعد مرور ثلاثة قرون تقريباً. وقد عرفت في العصر البيزنطي باسم أونوس (Onous). في سنة 1596، كانت كفر عانة قرية في ناحية القدس (لواء القدس)، وعدد سكانها 116 نسمة. وكانت تؤدي الضرائب على عدد من الغلال كالقمح والشعير والزيتون والفاكهة، بالإضافة إلى عناصر أخرى من الإنتاج والمستغلات كالماعز وخلايا النحل وكروم العنب.
في أواخر القرن التاسع عشر، كانت كفر عانة قرية مبنية بالطوب، ومحاطة بشجر النخيل. وقد بنيت منازل كفر عانة الحديثة في موازاة الطريقين المشار إليهما فيما تقدم، وتمددت القرية مع بناء المنازل الجديدة نحو الغرب والشمال في اتجاه طريق يافا - اللد. وكان السكان كلهم، في ذلك الوقت، من المسلمين. وكان في القرية مدرستان: إحداهما للبنين والأخرى للبنات. وكانت مدرسة البنين؛ التي أسست في سنة 1920، تمتلك 22 دونماً من الأرض؛ وكان يؤمها 270 تلميذاً في سنة 1944. أما مدرسة البنات، فقد أنشئت في سنة 1945، وسجلت فيها في تلك السنة 57 تلميذة. وكان السكان يستنبتون الغلال الزراعية، ويربون الطيور الداجنة والنحل. في 1944- 1945، كان ما مجموعه 2214 دونماً مخصصاً للحمضيات والموز، و 11022 دونماً للحبوب، و 597 دونماً مروياً أو مستخدماً للبساتين. والقرية نفسها كانت موقعاً أثرياً. وكان ثمة بالقرب منها، إلى جهة الشرق، موقع أثري آخر هو خربة كفراجون (138159).
بالنسبة لاحتلال القرية وتهجير سكانها، كانت كفر عانة واحدة من مجموعة القرى الواقعة شرقي يافا، والتي احتلت في سياق عملية حميتس التي نفذتها قوات الهاغاناه. وكانت الغاية من هذا الهجوم عزل يافا، وتمهيد الطريق أمام الهاغاناه للاستيلاء عليها. وقد نفذت هذا الهجوم وحدات اختيرت من ثلاثة ألوية في الهاغاناه، وبدأته بعد أربعة أيام من هجوم عصابة الإرغون الجبهي على يافا نفسها. ومن المرجح أن تكون كفر عانة سقطت يوم سقوط قرية ساقية المجاورة، على يد لواء ألكسندروني يوم 29 نيسان- أبريل. بعد مضي نحو أربعة أشهر، في 13 أيلول - سبتمبر، كانت كفر عانة إحدى أربع عشرة قرية أدرجها، في قائمة التدمير، رئيس الحكومة الإسرائيلية دافيد بن - غوريون، الذي طلب الإذن الرسمي في ذلك من الحكومة. ولا يبين موريس هل منح الإذن أم لا، لكنه يذكر أن القرى سويت بالأرض بعيد ذلك. وفي وقت لاحق من ذلك الشهر، عينت كفر عانة موقعاً لإنشاء مستعمرة للمهاجرين اليهود الجدد.
بالنسبة للمستعمرات الإسرائيلية على أراضي القرية، فقد أنشئت يغيل (138155) على أراضي القرية في سنة 1950، جنوبي موقع القرية؛ كما أنشئت نفي إفرايم (138159) في سنة 1953، في موقع القرية، أو قريباً جداً منه. جزء من الموقع اليوم أرض خالية. وينبت في أنحاء أخرى شجر الزيتون، إلى جانب أشجار السرو والكينا التي غرسها الإسرائيليون. ولا يبدو أي أثر للمنازل القديمة. وقد بني بعض الأبنية السكنية ومتنزه صغير على الأراضي المحيطة 1.
